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| Figura 1: La momia Aconcagua. El recuadro muestra una imagen de una parte del pulmón diseccionado de la momia. Un pequeño trozo de 350 mg se utiliza para la extracción de ADN. La foto de la momia ha sido tomada de 49 y se reproduce aquí con el permiso de la Universidad de Cuyo Editorial (Argentina). |
Alberto Gómez-Carballa, Laura Catelli, Jacobo Pardo-Seco,
Federico Martinón-Torres, Lutz Roewer, Carlos Vullo y Antonio Salas
Tomado de: http://www.nature.com/articles/srep16462
Resumen
n 1985, una momia congelada fue encontrada en el Cerro
Aconcagua (Argentina). Los estudios arqueológicos identificaron la momia como
un niño de 7 años de edad, víctima de sacrificio inca, vivió hace
500 años, en el momento de la expansión del Imperio Inca hacia el cono sur. Se
obtuvo la secuencia de todo su mitogenoma. Después de consultar una gran base
de datos mundial de mitogenomas (~28.000) encontramos que el haplotipo Inca
pertenecía a una rama del haplogrupo C1b (C1b i) que aún no se ha identificado
en modernos nativos americanos. La expansión de C1b en las Américas, según las
estimaciones utilizando 203 mitogenomes C1b, se remonta a los asentamientos
paleoindios iniciales (~hace
18,3 mil años [kya]); sin embargo, su variación interna difiere entre
Mesoamérica y América del Sur. Al consultar grandes bases de datos de
haplotipos de la región de control (150.000), encontramos a pocos C1b i
miembros en Perú y Bolivia (por ejemplo aymaras), incluyendo un haplotipo recuperado
del antiguo ADN de un individuo perteneciente al Imperio Wari (Andes peruanos).
En general, los resultados sugieren que el perfil de la momia es una muy rara
sub-clado que surgió 14,3 (5-23,6) kya y podría haber sido más frecuentes en el
pasado. Un origen Inca Peruano de hoy en día C1bi haplotipos podría satisfacer
tanto a los hallazgos genéticos y paleo-antropológica.
Introducción
En el verano de 1985 un grupo de montañistas descubrió una
momia congelada sólo parcialmente desenterrado a una altitud de 5.300 metros,
en el extremo suroeste de la montaña Aconcagua ("Cerro"), en la base
de la Montaña Pirámide, en la provincia argentina de Mendoza. En lugar de la
excavación del cuerpo, los montañeses regresaron a sus localidades y
especialistas informadas sobre este hallazgo. Las excavaciones se llevaron a
cabo posteriormente por arqueólogos profesionales. En el entierro ritual, los
arqueólogos identificaron un niño de siete años de edad, muy bien conservado
envuelto en numerosos tejidos y rodeado de seis estatuillas.1
El inca constituyó el más grande (unos 12 millones de
personas) y una de las más complejas civilizaciones de la América precolombina.
Su centro político, administrativo y militar se encuentra en Cuzco (actual
Perú). El Inca surgió en las tierras altas de Perú a principios del 13° siglo.
De 1438 a 1533 conquistaron o asimilaron pacíficamente una gran parte de
América del Sur occidental, incluyendo la actual Perú, una gran parte de
Ecuador, centro-sur de Bolivia, el sur de Colombia, noroeste de Argentina, y en
el norte-centro/norte de Chile. Los fechados de la momia hallada en Aconcagua durante este período de expansión hacia el sur, fue encontrado cerca de la orilla meridional de la
expansión inca. Hay abundante evidencia arqueológica que apoyan la práctica del
sacrificio dentro de la sociedad Inca 4. El último emperador de los incas
(Atahualpa) fue ejecutado en 1533 por los soldados del conquistador español
Francisco Pizarro, que marca el final de los 300 años de la civilización Inca.
El análisis de ADN antiguo (aDNA) floreció en la última
década, con la llegada de las nuevas tecnologías de secuenciación de 5, 6, 7,
8. Sin embargo, relativamente pocos estudios genéticos se han llevado a cabo en
momias 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15. Ermini. Et al 10 analizaron la tirolesa
Iceman, un hombre de 46 años de edad, quien vivía en la transición del
Neolítico-Edad del Cobre en Europa Central sobre 5 kya; esto representó la
primera secuencia del genoma mitocondrial completo de un europeo prehistórico.
A lo mejor de nuestro conocimiento, sólo hay unos pocos estudios realizados
sobre momias indígenas americanos; todos ellos dirigidos solamente el ADN
mitocondrial (ADNmt) primera región hipervariable (HVS-I). Por ejemplo,
Monsalve. Et al 9 analizaron los Kwäday Dän Ts'ìchi restos antiguos de un
hombre encontrado en un glaciar que se derrite en la Columbia Británica
(Canadá); los autores podrían caracterizar su ADNmt como pertenecientes al
haplogrupo A, y encontró coincidencias en las poblaciones de todo el continente
americano. Wilson et al. 16 analizaron muestras de otro sacrificio de niños
incas que emplea un enfoque multidisciplinario. Estos autores informaron el
ADNmt HVS-I y algunos SNPs ADNmt de siete muestras, lo que les permite asignar
ampliamente estos haplotipos de los nativos americanos y los haplogrupos C
segmento D. El HVS-I de los restos de la momia "Juanita" (también
conocidos como "Dama de Ampato" o "Doncella Inca de Hielo")
fue publicada en GenBank (Acc Nº EF660742 y EF660743).; Este fue identificado
como otro sacrificio víctima Inca: un niño 12-14 años de edad, que vivía en el
monte Ampato (cerca de Arequipa, Perú) hace unos 500 años; su haplotipo ADNmt
podría asignarse al haplogrupo A (su secuencia motivo está muy extendida en
todo el continente americano).
El presente estudio representa el primer intento de informar
todo el ADNmt de una momia de nativos americanos, con el interés adicional que
esta momia representa un miembro de la civilización Inca. El objetivo principal
es arrojar luz sobre la variación genética existente en el momento de la
civilización inca e interpretar esta variación a la luz de los patrones
observados en las poblaciones actuales.
Resultados y discusión
Se extrajo el ADN de un pequeño pedazo de pulmón de la momia
(Fig. 1). El haplotipo de la momia tiene 51 variantes con respecto a la rCRS 17
(Tabla 1). La variación observada en mitogenome de la momia encaja
perfectamente dentro de la filogenia de uno de los haplogrupos más típicos
americanos nativos, C1b. Por otra parte, este haplogrupo representa una de las
ramas más frecuentes dentro de C1 (junto con C1c y C1d) y se identificó
recientemente como uno en más de quince fundadores ADNmt americanas 18, 19, 20,
21.
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| Tabla 1: variantes encontradas en el mitogenome de la momia Inca usando el rCRS 17 como una referencia. |
Un total de 201 mitogenomes C1b podría ser compilado a partir de la literatura (aunque dos de ellos carecen de información sobre la región de control). La filogenia de C1b fue reconstruida y actualizada (ver completa la filogenia en la figura S1 y su esqueleto en la Fig. 2), utilizando la última versión disponible en Phylotree Build 16 (http://www.phylotree.org), lo que permitió salir con el tiempo de El ancestro común más reciente (TMRCA) a diferentes nodos ancestrales C1b. En este análisis filogenético, 23 nuevos sub-clados menores podrían ser identificados, todos ellos caracterizado por al menos dos mitogenomes diferentes. C1b es de aproximadamente 18,3 (16,2-20,4) kya (Tabla 2; Fig. 2), apoyando así evaluaciones anteriores que indican que C1b más probable surgió relativamente temprana, ya sea en Beringia o en una etapa muy inicial de la migración hacia el sur paleoindia 19, 22. De acuerdo con los hallazgos previos 18, 23, el hecho de que C1b es sólo ligeramente mayor en Mesoamérica que en América del Sur (Tabla 2) confirma que la expansión hacia el sur de este clado fue muy rápida18. Mientras que algunos sub-clados C1b se observaron exclusivamente en Mesoamérica o en América del Sur, algunos de ellos fueron encontrados en ambos territorios.
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Figura 2: Esqueleto de la filogenia mundial C1b.
El C1b1i clado representado por el haplotipo encontrado en la momia inca también se encuentra en la filogenia. Hay una mitogenome (JX413043) que pertenece al haplogrupo C1b13b muestreada en un individuo español, aunque nacido en Talagante (Chile); por lo que etiquetamos aquí como originarios de América. TMRCA se ha indicado anteriormente etiquetas haplogrupo. Un asterisco a la derecha de las etiquetas haplogrupo identifica sub-clados que fueron recientemente identificados en este estudio, en comparación con la última versión de Phylotree (Build 16). La posición de la secuencia de referencia Cambridge revisado (rCRS) está indicado para la lectura de motivos de secuencia 17. Variantes de ADN mitocondrial se indican a lo largo de las ramas del árbol filogenético. Las mutaciones son transiciones menos un sufijo A, C, G, o T indica una transversión. Otros sufijos indican inserciones (+), sinónimo de sustitución (s), cambios mutacionales en tRNA (-t), cambios mutacionales en rRNA (-r), variante no codificante situada en la región de codificación de ADNmt (-NC) y una sustitución de aminoácidos (se indica entre paréntesis). Variantes subrayados representan mutaciones recurrentes en este árbol, mientras que el prefijo '@' indica una mutación espalda. Variantes hotspot mutacional en las posiciones 16182, 16183 y 16519, así como la variación alrededor de la posición 310 y longitud o punto heteroplasmies no fueron considerados para la reconstrucción filogenética. Los números en pequeños cuadrados unidos por encima de etiquetas haplogrupo indican el número de ocurrencias (mitogenomes) de los haplogrupos disponibles correspondientes en el dominio público (literatura y / o GenBank); el color de los cuadros indica su origen geográfico según la leyenda inserción. Más detalles sobre el origen geográfico o étnico de todos los mitogenomes utilizados en esta red se proporcionan en datos suplementarios Tabla S1. El recuadro inferior derecho muestra una red de secuencias HVS-I que potencialmente pertenecen al haplogrupo C1b i (izquierda) y un mapa de América del Sur que muestra su localización geográfica (derecha). El mapa fue construido usando un mapa en blanco basado en las coordenadas GPS y la saga v 2.1.1. (Http://www.saga-gis.org/; véase métodos).
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| Tabla 2: Haplogrupo estimaciones de tiempo de coalescencia en kya para C1b y sus sub-clados basados en ML y el cálculo de la distancia promedio (AD) de los haplotipos de un clado dado a la respectiva haplotipo raíz. |
El BSP de C1b (Fig. 3) puntos generales a un episodio importante
de crecimiento de la población constante dentro de los Estados Unidos que
comienza muy temprano durante el asentamiento inicial-Paleo indio en el
continente americano y su propagación hacia el sur. Aproximadamente 9 kya hay
una disminución progresiva del tamaño efectivo de la población que duró hasta
las 5 kya. A continuación, el BSP indica un nuevo episodio de crecimiento
constante de la población en general, coincidiendo con el inicio del periodo
arcaico, es decir, con la reunión cada vez más intensivo de una amplia gama de
recursos y el declive de la forma de vida de caza. Este crecimiento progresivo
se expande durante el Formativo y el período clásico (por lo tanto, incluidos
los períodos iniciales del desarrollo de la civilización Inca). Sólo en tiempos
muy recientes, el BSP parece sugerir un episodio final de la reducción de la
población, encajando con la llegada de los europeos.
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| Figura 3: BSP que indica la mediana del tamaño efectivo de la población hipotética en el tiempo sobre la base de datos de los mitogenomes C1b. El tiempo máximo es la estimación mediana ´posterior de la genealogia de la raíz de altura. |
La figura 4 muestra que se encontraron mitogenomes C1b en
torno a dos principales ubicaciones geográficas, una en Mesoamérica, y el otro
por el Perú y que se extiende hacia el sur desde aquí a lo largo de la costa
del Pacífico. Figura 4 también muestra un esqueleto filogenético de las
principales ramas C1b en la cronología de América contexto. El patrón observado
de la variación geográfica es compatible con el siguiente escenario amplio de
migración para los transportistas C1b: (i) temprana y rápida propagación de C1b
en todo el continente americano completo durante el período de la colonización
continental inicial; (Ii) el aislamiento importante población de la Mesoamérica
y los acervos genéticos de América del Sur durante largos períodos, como se
indica por la presencia de clados muy antiguas y muy jóvenes que se encuentran
exclusivamente en cada una de estas dos regiones sub-continentales; y (iii) el
intercambio de genes esporádicos entre ambas regiones sub-continental, como lo
sugiere la existencia de unos clados que están presentes hoy en Mesoamérica y
América del Sur; estos clados tienen edades entre los 15 kya (C1b3) a 2 kya
(C1b2) hace. Las principales civilizaciones americanas antiguas, como los mayas
y los incas, podrían haber contribuido al flujo de genes entre las principales
regiones continentales 24.
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Figura 4. (A) filogenia
ML y TMRCA de los principales clados C1b analizados en el presente estudio y la
cronología de América (LGM: Ultimo Máximo Glacial). (B) Distribución espacial
frecuencia del haplogrupo C1b. El mapa fue construido como se indica en la
Figura 2 y en base a información de la región de control. Tenga en cuenta que
hay dos picos principales de frecuencias C1b haplogrupo, uno centrado en México
y otra en Perú. Además, hay un tercer pico en Puerto Rico (n = 23); esta alta
frecuencia en los proyectos de la isla más al noreste de América del Sur (es
decir, Venezuela y el norte de Brasil), donde en la realidad C1b está prácticamente
ausente. El mapa fue construido usando un mapa en blanco basado en las
coordenadas GPS y la saga v. 2.1.1 (véase métodos).
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El haplotipo de la momia inca pertenece a un nuevo clado que se ramifica desde la raíz del haplogrupo C1b, proporcionando así un apoyo adicional a la autenticidad del haplotipo (véase la sección M & M). Este nuevo clado, C1b i (donde "i" significa 'Inca'), dispone de 10 mutaciones privadas (Tabla 1). Todas las mutaciones privadas fueron revisadas con mucho cuidado y replicados en el análisis de secuencia de confirmación. Aunque no hay manera de fecha C1bi utilizando sólo una mitogenome, el importe de la variación acumulada en el haplotipo de la momia es compatible con una edad avanzada, por lo menos tan antigua como otras ramas viejas dentro C1b que se han acumulado una cantidad similar de variación. Figura S2 muestra el número de mutaciones acumuladas desde la raíz del haplogrupo C1b a todos los consejos de la filogenia (Figura S1) y su frecuencia relativa; las diez mutaciones observadas en el otoño de la sucursal de la momia dentro de los valores esperados. El HVS-1 con motivos (Tabla 3) se utilizó para la búsqueda de los miembros de C1bi en las bases de datos de haplotipos comunes (> 170.000 secuencias de ADNmt parciales). Sólo cuatro muestras pertenecientes a C1b comparten la transición en la posición 16124 (Tabla 3; Fig. 2). Una tentativa de citas puede llevarse a cabo utilizando estos pocos haplotipos región de control que caen dentro de C1b i (Tabla 3). El TMRCA estimada a partir de estos haplotipos (basados en ρ) es 14,3 (5,0-24,0) kya, lo cual es consistente con la sugerencia de que C1b i constituye un viejo clado. Al mismo tiempo, los patrones filogeográficos de C1b i controlan haplotipos región apuntan a una distribución de este linaje restringida a Sudamérica. Por otra parte, estos patrones se adaptan bien a la máxima extensión del Imperio Inca alrededor de 1525, cuando el mandato de Huayna Cápac (undécimo "Sapa" terminó del Imperio Inca). Dentro C1b, hay un sub-clado diferente que muestra características muy similares a C1B i, es decir, C1b13. El TMRCA de esta sub-clado es 11,8 (8,6-15,1) kya; es prácticamente ausente de Norte-América Central y su ubicación geográfica se centra principalmente en Chile. C1b13 muy probablemente surgió en la región Cono Sur y diferenciado a nivel local poco después de la llegada humana, durante el proceso de tribalización y diferenciación lingüística25. La distribución geográfica de C1b13 también encaja bien con la expansión de la civilización Inca en los territorios del norte de Chile, aunque su edad es mucho mayor, lo que sugiere que tal vez sólo algunos (todavía un-muestreados) sub-linajes de C1b i podrían estar relacionados con línea de tiempo de los incas (como ocurre con otros sub-clados C1b; Fig. 4).
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Tabla 3: Los haplotipos que están estrechamente relacionados con, o pertenecen, C1b i clado.
Ref .: [1]: Barbieri. Et al 50. [2]: Kemp et al. 15. [3]: batai et al. 51. [4]: Taboada-Echalar. Et al 52.
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Material y métodos
La extracción de ADN de la momia y cuantificación.
Un pulmón diseccionado de niño del Aconcagua se utilizó para
la extracción de ADN (Fig. 1). El tiempo de post-mortem fue de aproximadamente
500 años de acuerdo a la información antropológica e histórica obtenida 1. El
pulmón se conservó a -20 ° C, ya que fue exhumado en 1985.
Todos los protocolos de ADN se llevaron a cabo en los
laboratorios dedicados especialmente diseñados para la extracción de ADN de muestras
envejecidas con instalaciones para minimizar el riesgo de contaminación,
siguiendo las recomendaciones ISFG26. Los operadores utilizan los equipos
necesarios para evitar la contaminación de las muestras en cada paso del
análisis (traje de cuerpo completo estéril, guantes, protector facial, etc).
Plástico-ware utilizado fue libre de ADN, autoclave y UV irradia como una
precaución adicional. Todas las etapas se llevaron a cabo en cabinas de flujo
laminar. Blancos de reactivos que acompañan el procedimiento de extracción
fueron procesados y comprobados para la contaminación.
El uso de un bisturí y pinzas estériles, una pieza interior
de la muestra de tejido del pulmón se extrajo y se coloca más dentro de una
caja de Petri estéril desechable. Todas las superficies exteriores se
descartaron para evitar la contaminación de ADN contemporánea. Por lo tanto,
una pieza de 350 mg de tejido pulmonar, se obtuvo marrones signos de colores y
mostrando de deshidratación y se coloca dentro de un tubo estéril de 50 ml. Los
detalles sobre el protocolo de extracción se proporcionan en los datos de texto
suplementario S1.
El extracto de ADN se cuantificó usando el kit de ADN humano
AB QuantifilerTM Cuantificación con el sistema de PCR en tiempo real 7500 de
acuerdo con el protocolo del fabricante. Con base en los resultados de la
cuantificación, la muestra se diluyó para región de control del ADNmt
amplificación por PCR.
La amplificación del ADN mitocondrial y secuenciación
La secuenciación de la región de control de la momia ADNmt
se llevó a cabo en los dos laboratorios que participan en el presente estudio.
Todas las reacciones de PCR incluyó un control negativo, así como ADN de
control 9947A. Un mínimo de dos amplificaciones se realizaron en el extracto de
ADN. Replicar análisis de los mismos extractos se llevó a cabo para
proporcionar control duplicado secuencia de la región consenso. No hubo
evidencia de contaminación en los espacios en blanco de reactivos o controles
de PCR negativos (Figura S3).
Para las reacciones de amplificación y secuenciación se
utilizaron los siguientes pares de cebadores para la región de control:
15967F-16429R, 16268F-186R, 430R-6F, 350F-639R en el laboratorio argentino y
15997F-16401R, 16380F-17R, 16555F-408H, 332F- 599H en el laboratorio español.
El genoma completo se secuenció usando los cebadores descritos por Kivisild et
al. 27 y siguientes protocolos previamente descrito 28. Las condiciones de PCR
fueron descritos anteriormente 29, 30.
Todos los productos de PCR obtenidos se comprobaron mediante electroforesis en gel de agarosa. Para la purificación de PCR amplificado, se utilizó productos EXOSAPit.
Las reacciones de secuenciación se realizaron utilizando kit
de secuenciación BDTv3.1 (Applied Biosystems) utilizando 3 l de PCR plantilla
de producto purificado. Centrisep columnas y placas EdgeBio Performa® DTR V3 96
pocillos fueron el método de purificación de secuenciación. La electroforesis
capilar se realizó en un ABI Prims 3130 en el laboratorio argentino y ABI 3730
Genetic Analyzer (Life Technologies, CA, EE.UU.) en el laboratorio español.
Software de análisis de secuenciación de 5,2 se utilizó para el análisis de
secuenciación de calidad. Edición de secuencias se realizó mediante el uso de
Sequencher (Ann Arbor, MI, EE.UU.) en el laboratorio argentino y SeqScape (AB)
en el laboratorio español; las secuencias obtenidas fueron analizadas contra
los rCRS (revisado Cambridge Secuencia de Referencia). A posteriori calidad
secuencia fue evaluado siguiendo los métodos descritos anteriormente 31, 32.
La región de control del ADNmt se obtuvo por dos
laboratorios independientes de Argentina (Córdoba) y España (Santiago de
Compostela). Una comparación prueba a ciegas de los resultados de la
secuenciación se llevó a cabo: los resultados fueron transversal comparación y
combinar por completo. El ADN de la momia estaba bien conservado, como se
indica indirectamente por la buena calidad de los resultados de la
secuenciación obtenidos en ambos laboratorios.
El ADNmt de todos los operadores de laboratorio fue
secuenciado con el fin de facilitar la identificación de la posible
contaminación de fuentes biológicas.
La Tabla 1 muestra la variación total observada en el
haplotipo de la momia. Tenga en cuenta que la alineación de la haplotipo
encontrado en la momia muestra variabilidad de la longitud en el segmento de
HVS-II, y esta alineación permite varias nomenclaturas tales como (i) 56 56 T +
C y (ii) 56 T 57 60 + T. Aunque la primera opción parece más parsimoniosa, la
segunda opción se ajusta mejor a la filogenia mundial 26.
Examen de las cuestiones de contaminación
Estudios anteriores sobre ADN antiguo asumieron que una
cierta cantidad de contaminación es inevitable, incluso en ejemplares antiguos
que fueron excavados siguiendo protocolos específicos que prestan especial
atención a la cuestión de la contaminación 10, 33. También es bien sabido que
el impacto de la contaminación es altamente dependiente del grado de
conservación del ADN original 34. El caso de la momia inca es diferente de la
mayoría de los estudios previos sobre ADN antiguo, y tiene algunas similitudes
con el tirolés Iceman 10 en términos de preservación con la ventaja adicional
de la momia inca siendo mucho más joven que la tirolesa Iceman. De este modo,
la muestra analizada en el presente estudio es un cuerpo humano momificado que
fue sometido a un proceso de congelación y desecación espontánea y se conservó
a una temperatura muy baja. Varias líneas de evidencia sugieren una muy buena
conservación del ADN endógeno de la momia: La momia fue casi completamente enterrada en el momento de
su descubrimiento. Se trasladó directamente a un congelador y se mantuvo
congelado todo el tiempo hasta la extracción de ADN. La extracción de tejido
pulmonar se realizó en una sala de operaciones en condiciones completamente
estériles. Con el fin de evitar una mayor contaminación potencial, una porción
interior de la pieza de pulmón fue tomada para la extracción de ADN en un
laboratorio dedicado.
Toda su región de control del ADNmt haplotipo se obtuvo por
dos laboratorios independientes. Los resultados se compararon-cruz y coinciden
completamente.
Se obtuvo el ADN mitocondrial de todos los operadores y
cotejará con el haplotipo de la momia (Suplementario de datos Tabla S2). Estos
haplotipos fueron filogenéticamente incompatibles con el mismo haplogrupo
observado en haplotipo de la momia.
La variación observada en la momia encaja perfectamente con
la filogenia nativo americano esperado, y por lo tanto no hay ninguna
indicación de artefactos de secuencia 31, 35. Por otra parte, las
características filogenéticas de las mutaciones observadas privadas no
consistentemente apuntan a la presencia de haplotipos de contaminantes y la
recombinación artificial 36, 37, 38.
Múltiples heteroplasmies no son comunes y con frecuencia
apuntan a problemas de secuenciación 31. No se detectaron heteroplasmies
puntuales en las secuencias de la momia.
Haplotipo de la momia tiene 10 mutaciones en la parte
superior del de la raíz C1b. El hecho de que este haplotipo identifica un nuevo
linaje que no cae dentro de las principales sub-clados existentes del C1b y la
filogenia mundial nativo americano (representado por 201 y> 1.200
mitogenomes completos, respectivamente), añade soporte adicional a la
autenticidad de la secuencia de 10. Hay sólo unos pocos haplotipos región de
control que se ajustan con motivo de haplotipos de la momia (n = 6 a partir de
una base de datos estadounidense de más de 170.000 haplotipos), lo que indica
que este haplogrupo es al menos muy poco frecuente en las poblaciones actuales
y, por tanto, muy poco probable para aparecer como contaminante en nuestro
análisis 10.
Las 10 mutaciones que caracterizan C1bi son privadas dentro
C1b haplogrupo, pero sólo el T662C transición no se ha observado previamente en
las bases de datos y búsquedas en Internet (ejecutados como en 39) llevado a
cabo en la variación del ADNmt en todo el mundo.
La cantidad de variantes acumulados en este haplotipo con
respecto a lo que se observa para los muchos clados C1b también cae dentro del
rango esperado como puede estimarse a partir de la filogenia (Suplementario de
datos Figura S2).
El análisis estadístico
Árboles de máxima parsimonia fueron construidos para
mitogenomes C1b. La figura 2 muestra el esqueleto de C1b filogenia. TMRCA de
esta filogenia mitogenome se calculó utilizando un procedimiento de máxima
verosimilitud (ML) de acuerdo con Phylotree 16 filogenia (Tabla 2). Para este
propósito, el software PAML 4,4 40 se utilizó suponiendo que el modelo de
mutación HKY85 (ignorando indeles, según la práctica común) y el uso de las
tasas de gamma-distribuido (aproximado por una distribución discreta con 32 categorías)
y tres particiones: HVS-I (posiciones 16051-16400), HVS-II (posiciones 68 a
263), y el resto. El TMRCA de mitogenomes enteras y C1b i controlan secuencias
de la región (Fig. 2) también se calculó utilizando la distancia promedio (ρ)
de todos los haplotipos de un clado al respectivo haplotipo raíz. Esto se hizo
(i) el uso de toda la variación observada en mitogenomes, y (ii) teniendo en
cuenta las mutaciones sólo es sinónimo. Una estimación heurística del error
estándar (σ) se calculó a partir una estimación de la genealogía 41. Todos los
cálculos TMRCA se obtuvieron utilizando la totalidad de los genomas de ADN
mitocondrial, pero excluyendo las mutaciones hotspot como 16182C, 16183C y
16519. El "estrella-semejanza 'de los árboles se midió utilizando el
índice estrella ρ / n × σ 2; este índice puede tomar valores entre 1 / n
(haplotipo único que representa n ADNmts) y 1 (filogenia estrella perfecta) 19,
42.
Ambos métodos, ML y ρ, produjeron edades de divergencia muy
similares (Tabla 2). Hubo comportamientos anómalos en las fechas obtenidas para
algunos sub-clados (por ejemplo C1b1, C1b3; Tabla 2); lo que podría explicarse
por el bajo / sobrerrepresentación de algunos sub-clado en la filogenia (de una
manera similar a la que se observó para haplogrupo A2w1 en Söchtig et al. 24) y
/ o porque la estrella-semejanza de algunas ramas es muy baja (C1b1, C1b2,
etc). Por otra parte, las edades calculan utilizando ρ no tienen sentido
filogenético para algunas sub-haplogrupos; por ejemplo, la edad de C1b1 usando
sinónimo mutaciones es más antiguo que la edad de todo el haplogrupo C1b. En
general, las edades obtenidas utilizando ML parecen ser más consistentes y
estos fueron los utilizados para la discusión a lo largo del texto con la
excepción de las edades coalescentes computadas en la región de control para el
que sólo rho se obtuvieron estimaciones.
Distancias mutacionales se convirtieron en años utilizando
la tasa corregida evolutiva (y la calculadora) a partir de Soares et al. 43, a
saber, para la molécula entera (1.16649 × 10 -8 sustituciones por nucleótido
por año o una mutación cada 3624 años) y para la región de control (HVS-I:
1,64273 × 10 -7; HVS-II: 2.2964 × 10 -7). Las desviaciones estándar de las
estimaciones de edad se observan como SD todo el texto.
Parcelas horizonte Bayesiano 44 (BSP) se obtuvieron mediante
el software v1.8 BESTIA 45 para las secuencias C1b completas usando (i) un
reloj molecular relajado (lognormal de distribución a través de las ramas y no
correlacionados entre ellos) 46, y (ii) el modelo HKY de sustituciones de
nucleótidos con tasas de gamma-distribuido. Ancestrales árboles de genes para
cada región se infiere utilizando un modelo de sustitución de GTR. Cada muestra
MCMC se basó en un plazo de 100 millones de generaciones, con muestras dibujado
cada 20.000 pasos MCMC, después de una quemadura-en de 10.000.000 pasos
descartado. BSP se visualizaron utilizando trazador v.1.6 47. Se utilizó una
estricta reloj molecular con una tasa de mutación de 1,16649 × 10 -8
sustitución / sitio / año para toda la mitogenome 43. Se utilizó un tiempo de
generación de 25 años, como en Fagundes et al. 48.
Búsquedas filogeográficos de haplotipos de ADNmt se llevaron
a cabo en una base de datos interna que contiene> 27.000 mitogenomes y>
170.000 (principalmente HVS-I) secuencias de ADN mitocondrial parciales.
Búsquedas adicionales se llevaron a cabo en EMPOP (http://empop.org),
FamilyTree (https://familysearch.org/), Mitosearch (http://www.mitosearch.org),
y el Sorenson (http: // www.smgf.org/) bases de datos.
La representación geográfica de mitogenomes C1b se llevó a
cabo usando SAGA v. 2.1.1 (http://www.saga-gis.org/). Se utilizó el método
Kriging ordinario para interpolar haplogrupo frecuencias.
Referencias
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Santuarios de Altura incaicos y el Aconcagua: Aspectos generales e interpretativos.
(Relaciones de la Sociedad Argentina de Antropología XXIV, Buenos Aires,
Argentina, 1999).
2.Ceruti, C. Los
cuerpos humanos como objetos de dedicación en Inca santuarios de montaña
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